라틴어에서의 일치는 크게 명사(or 대명사)-형용사(or 분사) 간의 일치와 주어-동사 간의 일치로 나누어 볼 수 있습니다. 먼저, 명사-형용사 간의 일치는 형용사는 수식하는 명사와 성/수/격에서 일치해야한다는 것이구요, 주어-동사의 일치는 동사는 자신의 주어와 인칭과 수에서 일치해야한다는 것입니다. 목적어는 동사와 인칭이나 수에서 일치하지는 않습니다만, 자신을 꾸며주는 형용사나 분사가 있다면 이와는 일치해야합니다.

질문에 대한 답을 드리자면, 질문하신게 맞습니다. 첫째줄의 meliorem은 대응하는 목적어가 te로 단수이므로 단수로 쓰인것이고, 둘째줄의 meliores는 대응하는 목적어가 quos로 복수이므로 복수로 쓰인 것입니다. 이 점을 숙지한 상태에서 해석을 해보자면 다음과 같습니다.

(꾸미는 말과 꾸며지는 말이 멀리 떨어지는게 많아서 그냥 보고서는 해석하기가 쉽지 않으실 겁니다. 항상 단어의 성/수/격을 확인하셔서 서로 대응하는 쌍이 무엇이 있는지 잘 찾아보셔야 합니다.)

Turbam vita. 소동을 피해라!

Cum his vive qui te meliorem facere possunt;

~~하는 이런 이들과 함께(cum his qui) 살아라(vive)!
  : qui는 관계사로 his를 꾸며줍니다. 관계사의 경우 성/수만 일치시키고, 격은 관계절 내에서의 역할을 따라갑니다.

관계절) 너를 더 좋게(te meliorem) 만들 수 있는(facere possunt) 이들(his qui)
  : facio 동사는 목적어와 목적 보어를 둘 다 대격으로 동시에 받을 수 있습니다. 이 경우 A B facio: A를 B로(B하게) 만든다. 로 해석하면 됩니다. 여기에서는 A가 te, B가 meliorem입니다.

=> 너를 더 좋게 만들 수 있는 이들과 함께 살아라!

illos admitte quos tu potes facere meliores.

~하는 그들을(illos quos) 받아들여라! (admitte)
  : 위와 동일하게 quos는 관계사로 illos를 꾸며줍니다. quos가 대격인 이유는 illos가 대격이라서 그런게 아니라 quos 절 내에서 quos가 목적어의 역할을 수행하기 때문입니다.

관계절) 네가(tu) 더 좋게(meliores) 만들 수 있는(potes facere) 그들(illos quos)
  : facio 동사가 위와 동일하게 사용되었습니다. 여기에서는 A가 quos, B가 meliores입니다.

=> 네가 더 좋게 만들 수 있는 그들을 받아들여라!