1변화 명사나 2변화 명사의 단수 소유격이 복수 주격과 같은데 어떻게 구분해야하는지에 대해 질문하신 걸로 보입니다. 말씀하신것처럼 당연히 중의적인 상황이 나올 수 있구요, 다만 질문하신 문장들의 해석이 잘못된 부분이 있어서 먼저 정정드리자면 다음과 같습니다.

  magistri amici: 친구의(단수 속격) + 선생님들(복수 주격) or 선생님의(단수 속격) + 친구들(복수 주격)

이 되지, 친구들의 선생님이나 선생님들의 친구는 될 수 없습니다. 질문하신것처럼 되려면 복수 속격인 magistrorum 혹은 amicorum이 쓰여야 합니다.

질문하신 내용에 대한 답변으로는, 먼저 일반적으로 쓰이는 어순이 있습니다. 수식받는 단어가 먼저 나오고, 수식하는 단어가 뒤에 나오는게 일반적인데요, 즉 형용사가 명사를 수식하는 경우는 명사 + 형용사 순으로, 속격 명사가 주격 명사를 수식하는 경우 주격 명사 + 속격 명사 순으로 쓰는게 흔합니다.

다만 이는 흔하다는 것일뿐 반드시 따라야하는 규칙은 아니므로, 저자의 의도에 따라 특정 단어를 강조하기 위해 어순이 달라질 수 있습니다. 그런 경우 문맥에 의존하여 해석하는게 필요합니다.

그러나 다행히도 말장난을 위한게 아닌 이상, 헷갈릴 문장은 피하는게 예나 지금이나 좋은 글을 쓰는 기본적인 자세입니다. 그래서 저런 식으로 과하게 중의적인 문장 혹은 단어 배열들이 자주 보이지는 않아요. 중의적인 경우 문맥을 활용한다는 점만 명심하시고, 이에 대해 크게 고민하지 않으셔도 됩니다.