전자의 문장은 문법적으로 옳으나 후자의 문장은 아닙니다.

silentium tenemus in turbidis unda의 경우 unda(단수)와 turbidis(복수)의 수가 일치하지 않습니다.

따라서 turbidis => turbida로 고치면 후자의 문장도 사용가능합니다.

일반적으로 라틴어 문장에서 어순은 문법적인 차이보다는 강조하는 대상의 차이를 만들어냅니다. 

제일 앞 단어와 제일 뒷 단어가 제일 강조를 받는다고 흔히 얘기하구요, 전자의 문장의 경우 

"고요를 우리는 유지한다, 거친 파도 속에서."

정도의 의미라면, 후자의 경우

"고요를 우리는 유지한다, 거친 파도 속에서."

가 됩니다. 

일반적인 어순대로라면 전자가 더 자주 쓰이기는 합니다.