quod ~ 절은 이유를 나타내거나 영어의 that절 처럼 간접문을 나타내는 데에 사용합니다. 이 경우에는 간접화법으로 해석할 수가 없으므로 이유를 나타내는 용법으로 해석하는게 괜찮아 보입니다. 따라서 et vidit Deus lucem quod esset bona는 "신께서는 빛을 보셨다. (왜냐하면 그 빛이) 아름다웠기 때문이다." 정도로 해석할 수 있겠습니다.

fero 동사는 '~를 나르다, 옮기다'는 뜻입니다. 따라서 그 자체가 떠돈다는 뜻은 아닙니다. 수동태로 쓰였기 때문에 '~가 날라진다, 옮겨진다' 라고 해석된 것이며, 이를 의역하여 '떠돈다'고 표현한것 같습니다. 직역하자면 다음과 같습니다.

spiritus Dei ferebatur super aquas 신의 영이 물들 위에서 옮겨지고 있었다.