1. pater retortus를 주격으로 쓰는 경우, 호격으로 쓰는 경우 둘다 문법적으로 맞으며 의미 상의 차이가 있습니다.

먼저 원문인 주격 그대로를 살려 해석한다면, 

  뒤틀린 아버지인 당신께서는(Pater Retortus를 2인칭인 주어로 해석) 저희의 기도를 받아주소서.

와 같이 해석됩니다. 반면 호격 Pater Retorte로 고쳐서 해석한다면,

  뒤틀린 아버지시여(호격), 저희의 기도를 받아주소서.

와 같이 해석되겠구요. 기도문에서는 후자가 흔한 편이긴 하지만 전자가 꼭 잘못된 것은 아닙니다.

2. 문법적으로 약간 오류가 있는 문장이네요. ut 절 내에 convertatur와 ibit이 함께 연결되어 있는 구조인데, 하나는 접속법이고 다른 하나는 직설법이라서 의미가 맞지 않습니다. 맥락상 뒤의 ibit은 eat이 되어야 맞을 것 같습니다. 이를 고쳐서 해석해보자면,

  이름없는 아주 죄 많은 얼굴이(frons sine nomie culpabilissima) (몸을) 돌리고(convertatur) 우리와 함께(nobiscum) 가도록(eat) 만드소서(fac ut~).

와 같이 되겠습니다.