1. 관계절이 복잡하게 얽혀있습니다. 전반적인 해석은 맞게하셨지만, 관계절 해석 순서가 엉켜서 어색함을 느끼시는 듯합니다.

먼저 quam exploranda habent cum amulis quibusdam 절에서 quam은 앞의 명사 affinitate를 수식합니다. 관계절 내에서 quam은 대격을 취하고 있고 이 절의 동사 habent는 3인칭 복수형이고 특별히 등장하지 않으므로 일반적은 '사람들'을 가리킨다고 볼수 있습니다.

qui per fucum eorum naturam imitantur, et mentiuntur 절의 동사가 복수형인걸로 보아 qui 역시 복수형이고 따라서 바로 앞 quam절의 주어를 수식한다는 것을 알수 있습니다. quam절과 qui절을 합쳐서 해석하면

허식을 통해 그들의 본성을 가장하고 기만하는 이들은(qui) 특정한 그릇들과 함께(cum amulis quibusdam) 성찰되어야 할(exploranda) 것을(quam) 가진다(habent)

가 되겠지요. 이제 quam절을 바로 앞의 affinitate와도 연결하면

허식을 통해 ~~하는 이들은 ~~ 성찰해야할 관계를 가지며, 이 관계로부터 유혹의 위험이~~. 

가 됩니다. 아마 맥락상 그릇이라 함은 사람들이 자신을 숨길때 사용하는 틀이나 형태를 비유적으로 표현한게 아닐까 싶습니다.

2. sitne 는 sit(sum의 접속법 3인칭 단수 형태) + ne(의문접사)가 결합된 형태입니다. quod절을 빼고 보면

Caute observandum sitne virtus aut vitium, bonum aut malum opus.

굵은 부분이 동사, 밑줄친 부분이 주격입니다. 해석하면 덕 또는 부덕, 선행 또는 악행은 신중히 관찰되는가? 정도가 되겠죠.

여기서 quod 접속절을 첨가하면,

덕 ~~ 악행이 성찰되는지가 신중히 관찰되고 있는가

직역을 하면 수동태가 많으니 번역시는 적당히 의역하시는게 좋을듯합니다.