말씀하신 장음표기 변환 프로그램이라는 것이 정확히 어떤것을 가리키는지는 모르겠으나, 장음 표시를 입력해주는 프로그램은 존재합니다.

http://latina.bab2min.pe.kr/xe/tools 페이지나, 댓글이나 게시물 작성창에서 [라틴어 입력] 버튼을 누르면 모음 뒤에 -를 입력할 경우 자동으로 장음 표기가 된 모음으로 변환됩니다.

이런 것이 아니라 아예 알파벳만 입력했는데, 맥락을 파악해서 적절한 부분에 장음 표기를 붙여주는 프로그램은 아직 없는 것으로 알고 있습니다. 다만 사전 데이터를 통해 적절하게 장음이 붙은 표기를 추천해주는 서비스는 현재 사이트 작업 목록에 들어가있습니다.