Animus se ipse alit.

라틴어의 재귀대명사는 영어와 크게 달라서 헷갈리기 쉽습니다. 일단 ipse는 재귀대명사가 아니고 강조대명사입니다. 재귀대명사로 쓰이는 것은 me, te, se(각각 1, 2, 3인칭)입니다. 즉, 별도의 재귀대명사는 없고 인칭대명사를 재귀대명사로 쓰는 것이죠.

animus se ipse alit.

위 문장에서 se는 대격이고 재귀대명사이므로 주어 자신을 지칭하는 목적어로 쓰입니다. 반면 ipse는 주격이기 때문에 목적어로 쓰일 수 없고 주어인 animus를 강조하는 역할을 할뿐이지요. 이를 살려서 해석해보자면 '마음은 그 자체로(ipse, 주어를 강조) 자신(se, 재귀대명사)을 키운다.' 정도가 되겠습니다.

두번째 질문은 재밌는 질문이네요. 중세 및 현대의 학습자가 외국어로써 라틴어를 배운다면 다양한 학습 자료가 풍부한 현대의 학습자가 훨씬 유리하지 않을까 상상해봅니다. 단, 언어 공부가 학습 자료만으로 좌우되는게 아니고 얼마나 일상에서 자주 접하는지에도 크게 영향을 받는다는 걸 고려해보면, 지금보다 라틴어의 영향력이 훨씬 높았던 중세 학습자가 더 유리했을 것 같기도 하구요.. 정답은 없는 질문인듯 합니다.

모든 단어의 변화형을 전부 수록한 사전은 없었을 것 같습니다만, 변화형을 유추 가능하게 주요 형태를 수록한 사전은 많이 있었습니다. 격 변화에는 규칙이 있기 때문에 주요 형태만 적어놓는다면 다른 형태를 유추하는게 가능하기 때문에 이를 배우는건 어렵지 않습니다.

3변화 명사가 꽤나 불규칙하게 변화한다는 점 때문에 어려움을 겪고 계신것 같은데, 사실 어느정도 규칙이 있습니다. 단수 주격형태에서 음운 변화가 일어나서 어간을 가려버리기 때문에 규칙이 안 보이는 것 뿐입니다. 3변화 명사를 외우실때는 주격(어간이 안 보임)을 외우고 여기서부터 속격(어간이 보임)을 예측하려하시기 보다는, 어간 자체를 먼저 익히시고, 이 어간이 어떻게 축약되어 주격형태가 되었는지를 외우는게 기억하시기에 좋습니다.

• rex, regis:
  원래 어간은 reg.  reg + s => rex가 된것
• nox, noctis:
  원래 어간은 noct.  noct + s => nox가 된것 (발음의 편의를 위해 t가 탈락)
• caput, capitis:
  원래 어간은 caput.  caput + 0 => caput가 되고, caput + is => capitis (역행동화로 u가 i가 됨)
• honos, honoris:
  원래 어간은 hono.  hono + s => honos가 되고, honos + is => honoris (rhotacism으로 s가 r이 됨)

두서 없는 답변이지만 도움이 되셨길 바랍니다.

1. 자세한 교재로 보여서, 휠록을 선택했지만, 그리 자세하지 않은 것 같습니다. 아니면 앞에서 배운 대명사의 강조 용법을 제가 잊은 건지도 모르겠습니다. 재귀대명사 부분에서 이렇게 강조대명사가 나오니 혼동했던 것 같습니다. 친절한 설명 감사합니다.
2. 저도 개인적으로는 자료의 풍부성은 현대가 나을 것이라 생각했습니다. 도저히 인터넷이 없이는 깊이 있는 학습이 어려울 듯합니다. 물론 실사용까지 생각한다면 옛날이 나았을 것 같습니다. 

귀찮게 여기지 않고 재미있게 봐 주시니 감사합니다.
3. 불규칙속에서 규칙을 찾는 것. 그게 초심자들에게는 언감생심입니다.

어느 정도 높이에 올라가야 뭔가 보일 것 같습니다. 

늘 감사합니다.

건강하십시오.